A empresa exerce a sua atividade no Continente e nas regiões autónomas dos Açores e da Madeira. Junto ao Aeroporto de Lisboa está situada a Sede da empresa, o Centro de Controlo de Tráfego Aéreo de Lisboa e o Centro de Formação. Na região Autónoma dos Açores, concretamente na ilha de Santa Maria, está situado o Centro de Controlo Oceânico. Para além destes dois importantes Centros, a NAV Portugal tem ainda outras infraestruturas com Serviços de Tráfego Aéreo a funcionar nas Torres de Controlo de Lisboa, Cascais, Porto, Faro, Funchal, Porto Santo, Santa Maria, Ponta Delgada, Horta e Flores. Para a plena concretização da sua missão de Controlo de Tráfego Aéreo a NAV Portugal possui um vasto conjunto de equipamentos e instalações técnicas (estações radar, rádioajudas e comunicações) em vários pontos do Continente e Regiões Autónomas.
O sistema de gestão de tráfego aéreo Oceânico em Santa Maria e a entrada faseada em serviço de uma nova geração de sistemas de gestão de tráfego aéreo em Lisboa foram passos determinantes para manter a NAV Portugal na vanguarda dos prestadores de serviços de navegação aérea.
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